In 1307 wordt in een baljuwrekening voor het eerst over ´der Beghinen lande´ gesproken. Waar deze plek zich bevindt blijft een mysterie. In 1346, één jaar nadat het Mirakel van Amsterdam plaatsvindt, wordt in een charter melding gemaakt van een ´Beghynhuys´. In een privilege uit 24 april 1389 wordt uiteindelijk het Begijnhof met naam en toenaam genoemd. Een dag later wordt bij acte bepaald dat begijnen een huis op het hof kunnen kopen. In 1393 bevestigt graaf Albrecht van Beieren, de statuten van het Begijnhof. Albrecht werpt zich als beschermheer van de bewoonsters op en reikt hen een aantal leefregels aan. Hij bepaalt dat de begijnen in spe anderhalf jaar op het hof moeten wonen voordat zij de status van begijn mogen aannemen en in de gemeenschap kunnen worden opgenomen.
Aan het begin van de vijftiende eeuw breidt het hof zich uit in de richting van het Spui en krijgt zo haar huidige vorm. Het bestaat nu een uit een groot en een klein hof. Het oudste huis is het in 1888 zwaar gerestaureerde ´Houten Huys´. Dit huis en dat aan de Zeedijk op nummer 1, zijn de enige overgebleven houten huizen in Amsterdam. ´Begijnhof 34´ is bovendien het oudste houten huis dat Nederland rijk is. Het dateert uit 1470. De grote stadsbranden hebben de oorspronkelijke bebouwing weggevaagd.
Wat een Begijnhof anders maakt dan een vrouwenklooster, is dat de bewoonsters, allen ongehuwde vrouwen of weduwen, wel een religieuze gemeenschap vormen maar niet onder een orderegel leven. Begijnen wonen in huizen, die zij persoonlijk bezitten, zij vallen onder een bestuur, onderwerpen zich aan statuten, gehoorzamen aan een overste en beloven vrijwillig arm en ongehuwd te blijven. Het staat hen op elk moment vrij om terug te keren in de bewoonde wereld. De dames beoefenen de liefdadigheid. Een rector behartigt hun geestelijke belangen.
Vanaf het prille begin is er ongetwijfeld een plaats waar de begijnen gezamenlijk kerken. Waar dat is zal vrijwel de gehele veertiende eeuw onduidelijk blijven. In 1397 is er sprake van een kleine aan Maria gewijde kapel. Door de toename van het aantal begijnen behoeft dit kapelletje enkele malen uitbreiding. In 1419 wordt de houten kapel vervangen door een stenen exemplaar. De inwijding van de nieuwe kapel, die naast Maria nu ook aan Johannes de Doper en de evangelist Matteüs opgedragen is, vindt op 17 oktober 1419 plaats. Helaas loopt dit gebedshuisje bij de helse stadsbranden in 1421 en 1452 grote schade op. Na de tweede brand wordt de kapel in allerijl herbouwd. In hetzelfde jaar nog wordt het kerkje gewijd en opgedragen aan de Heilige Ursula en Johannes de Evangelist.
Het hof wordt aan alle kanten omgeven door water. De voorgevels staan met hun voeten in het water van de Begijnsloot, aan de zijkant loopt het Spui en aan achterkant kabbelt het water van een nog ongedempte Nieuwezijds Voorburgwal. Samen met het Sint Luciaklooster en het Oudemannenhuis vormt het Begijnhof letterlijk een bewoond eiland in de drukke en dichtbevolkte oceaan van de Windmolenzijde. Boven een gebeeldhouwd poortje dat, via een eenvoudige houten brug over de Begijnsloot, vanaf 1574 toegang tot het hof geeft, is een sluitsteen aangebracht waarop de Heilige Ursula is afgebeeld. De dochter van de Koning van Brittannië, die in de vijfde eeuw na Christus met elfduizend maagden in elf boten naar Rome pelgrimeert en op de terugweg in Keulen samen met haar maagden jammerlijk door de Hunnen wordt omgebracht. Ursula slaat haar mantel in een beschermend gebaar om haar maagden heen. Iets wat de begijnen ongetwijfeld heeft aangesproken. Zij plaatsen zich onder de bescherming van de koningsdochter.
De Alteratie in 1578 betekent ook voor het Begijnhof een ommezwaai maar niét het einde. De Begijnen begijnen in alle stilte door. De enige katholieke instelling in de stad kan blijven bestaan omdat de huizen particulier bezit zijn. De hofdames zijn daarentegen wel genoodzaakt om hun kapel af te staan voor meer wereldse zaken. Vanaf 1607 behoort de kleine kerk Schotse en Engelse kooplieden toe. Al op 5 februari van datzelfde jaar schalt de eerste preek vanaf een gloednieuwe protestantse preekstoel, die een dag van de tevoren door de Presbyterianen het hof is binnengedragen.
De begijnen zijn nu van een kapel verstoken. De eerste jaren kerken zij bij elkaar in huis totdat in 1671, twee woonhuizen tegenover de oude kapel, tot een schuilkerk omgebouwd worden. De oorspronkelijke beschermheiligen verhuizen mee. In 1682 krijgt de Joannes- en Ursulakerk haar huidige vorm.
Een kleine uitbouw aan de hofzijde, verleent sinds 1888 toegang tot de kapel. Op de bovenlijst is een oudtestamentische spreuk in Latijn aangebracht. Boven de deuren staat een Middelnederlandse vertaling van deze tekst opgetekend: ´Teekenen ende wonderlijcke Dinghen heeft by my ghedaen die hooghe Godt´ (Daniel III:99). De tekst heeft betrekking op het Mirakel dat zich in 1345 in Amsterdam heeft voltrokken. Dezelfde Latijnse tekst stond in steen in de gevel van de Heilige Stede gebeiteld. Het Begijnhof neemt na de Alteratie de verering van het Mirakel over. Sinds 1917 is de kapel het onderkomen van het Gezelschap van de Stille Omgang. De wanden zijn rijkelijk gedecoreerd met werken, die momenten uit de Mirakelgeschiedenis verbeelden. De gebrandschilderde ramen aan de hofkant en in de zijkapel refereren eveneens aan het Mirakel en de Heilige Stede. De Begijnhofkapel wordt dan ook niet voor niets de nieuwe Heilige Stede genoemd. In de beslotenheid van het hof wordt de herinnering aan het roemrijke verleden in alle stilte levend gehouden. Vele duizenden toeristen zijn daar jaarlijks de iets minder stille getuigen van.