Het is opmerkelijk dat het Burgerweeshuis al vroeg afgescheiden ziekenzaaltjes in gebruik had voor de kinderen, de grote jongens en de grote meisjes, met aparte keukens en aparte wasruimtes. Er bestond dus wel degelijk enig praktisch inzicht over hygiëne, maar veel viel er toch niet uit te richten met de toenmalige medische kennis, als ervaring niet toevallig tot een uitkomst had geleid. Scheurbuik bijvoorbeeld bleek te verminderen door het eten van limoenen, maar van vitamine C had men geen weet. Pas aan het eind van de negentiende
eeuw nam de gemiddelde leeftijd toe. Daarvóór was de kindersterfte dramatisch hoog, maar ook volwassenen waren kwetsbaar, zeker voor besmettelijke ziekten. De dood sloeg toe zonder aanzien des persoons, maar de gevolgen verschilden van gezin tot gezin; dat was afhankelijk van de economische en sociale situatie. Verweesde kinderen zonder welvarende familieleden moesten dus elders worden
opgevangen. De eerste vermelding van enige betrokkenheid van het Amsterdamse stadsbestuur bij de opvang van weeskinderen dateert van 1523. Toen stelden de burgemeesters een verordening vast voor het eerste weeshuis, dat mogelijkerwijs een paar jaar eerder van start was gegaan als een particulier initiatief.

Volgens overlevering zou in 1520 ene Haasje Claes, begaan met het lot van nette, verweesde poorterskinderen, een klein
opvanghuis hebben gesticht aan de Kalverstraat, niet ver van het Spui. Van de oprichting van dit tehuis en van de vrouw zelf is verder weinig bekend. De geschiedenis van Haasje
Claes lijkt te berusten op een niet op schriftelijke bronnen gefundeerde overlevering. Onderdeel van die legende is ook een geschilderd portret, vroeger wel toegeschreven aan
François Pourbus de Jongere (ca. 1595-1622).Voorgesteld is een aanzienlijke dame, maar haar uitdossing valt echter moeilijk te rijmen met de bescheiden Amsterdamse mode van
die tijd.

De eerste verordening, of stadskeur, was een mijlpaal in de geschiedenis van de stad, omdat hierin het bestuur blijk gaf van haar primaire verantwoordelijkheid ten aanzien van de sociale zorg – het toezicht berustte bijde stad, maar de uitvoering werd aan burgers overgelaten. Dat bleef eeuwenlang onveranderd. De stadsbevolking groeide, het aantal dode ouders nam navenant toe en dus ook het aantal wezen. Het weeshuis tussen Kalverstraat en Rokin kon de tweehonderd kinderen niet meer huisvesten. De gebeurtenissen van 1578 brachten echter uitkomst. Bij de Alteratie, in vrije vertaling ‘de Grote Verandering’, moesten de katholieke stadsbestuurders plaats maken voor de gereformeerden – later hervormden geheten. De katholieke kerken werden in beslag genomen, geheel onttakeld en
vervolgens ingericht voor het nieuwe ‘ware’ geloof. De kloosters werden gesloten en de gebouwen geschikt gemaakt voor alternatief gebruik; de nonnen en monniken kregen een
lijfrente en werden elders ondergebracht. Het St. Luciënklooster werd bestemd als nieuwe huisvesting voor de wezen, de zestien nonnen werden begin 1579 ondergebracht in de St. Luciënsteeg, in huizen die voorheen tot het rijke bezit van het klooster behoorde. Met kleine aanpassingen was het voormalige kloostercomplex voorlopig wel te gebruiken. Broodbakkerij, koestal en weefateliers bleven gewoon in gebruik en zo konden in 1580 de kinderen naar het nieuwe pand. De nieuwe poort aan de Kalverstraat met jaartal ‘1581’
verwijst naar de verhuizing naar deze nieuwe locatie. Hoewel er enige onduidelijkheid is over de precieze datum van naamswijziging in Burgerweeshuis, zal hierna deze naam worden gebruikt. Het ligt overigens voor de hand te
veronderstellen dat de bevolkingsexplosie van de zeventiende eeuw en de oprichting in die periode van nieuwe weeshuizen, de behoefte deed ontstaan het oude weeshuis een naam te
geven die het duidelijk onderscheidde van de andere instellingen.